Наиболее плодотворным для НПФ «Кристалл» является сотрудничество с Банком России, в интересах которого организация проводит работы с 1993г. НПФ «Кристалл» в 2007 году прошла аккредитацию в Банке России на участие в закрытых конкурсах по проведению работ в области безопасности и защиты информации, а также в области информатизации. За период сотрудничества с Банком России в его интересах выполнено около 200 научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ.

НПФ «Кристалл» накоплен значительный опыт в части решения задач обеспечения информационной безопасности (ИБ) в организациях различных форм собственности и видов деятельности. Сформирована и поддерживается в актуальном состоянии уникальная информационная база, позволяющая решать задачи различного масштаба и технической сложности. Созданы и апробированы разработанные в инициативном порядке методики и инструментальные средства анализа и обеспечения ИБ (включая оценку рисков и управление защитными мерами, оценку соответствия деятельности организации требованиям нормативных документов), адаптированные к российским условиям, национальным законодательным и нормативным требованиям.

На ряд продуктов и систем, на которые распространяются требования государственных регулирующих органов, получены соответствующие сертификаты.